Platz	Klub	Spiele	Tore	Punkte
01.	Bor. Mönchengladbach	34	71:38	66
02.	1899 Hoffenheim	34	60:40	60
03.	1. FC Köln	34	62:44	60
04.	1. FSV Mainz 05	34	62:36	58
05.	SC Freiburg	34	49:44	55
06.	SpVgg Greuther Fürth	34	53:47	52
07.	Alemannia Aachen	34	49:44	51
08.	SV Wehen Wiesbaden	34	47:53	44
09.	FC St. Pauli	34	47:53	42
10.	TuS Koblenz	34	46:47	41
11.	TSV 1860 München	34	42:45	41
12.	VfL Osnabrück	34	43:54	40
13.	1. FC Kaiserslautern	34	37:37	39
14.	FC Augsburg	34	39:51	38
15.	Kickers Offenbach	34	38:60	38
16.	Erzgebirge Aue	34	49:57	32
17.	SC Paderborn 07	34	33:54	31
18.	FC Carl Zeiss Jena	34	45:68	29

TuS Koblenz wurde wegen Täuschung im Lizenzierungsverfahren sechs Punkte abgezogen!
Aufsteiger in die 1. Bundesliga: Borussia Mönchengladbach, TSG 1899 Hoffenheim, 1. FC Köln
Absteiger in die neue 3. Bundesliga: Kickers Offenbach, Erzgebirge Aue, SC Paderborn 07, Carl Zeiss Jena
Aufsteiger aus den Regionalligen: Rot Weiss Ahlen, Rot Weiss Oberhausen, FSV Frankfurt, FC Ingolstadt 04
Absteiger aus der Bundesliga: 1. FC Nürnberg, Hansa Rostock, MSV Duisburg